Инициаторами создания зоопарка выступили зоологический сектор Казахстанского  филиала Академии Наук ССР, во главе с профессором А.А. Бялыницким-Бирули (зоологом, зоогеографом, член-корреспондентом АН ССР, автором многочисленных научных публикаций, участником ряда полярных экспедиций) и Комитет по науке, в лице помощника председателя Мырзахана Толебаева. На первом заседании Комитета науки Центрального Исполнительного Комитета Казахской ССР (КазЦИК), состоявшемся 25 января 1936 года, было принято решение, что "в связи с культурным ростом Казахстана, является большая необходимость в организации зоопарка в городе Алма-Ата, учреждения, которое сыграет большое научно-культурное значение для всего края..."

13 января 1937 года вышло постановление Совета Народных Комиссаров Казахской ССР "Об организации зоопарка в г. Алма-Ата". Организационные вопросы поручили Горсовету, а научное руководство филиалу Академии наук. Было решено построить зоопарк в саду за Парком культуры и отдыха имени М.Горького. По решению Алма-Атинского Горсовета 19 февраля 1937 года был выделен земельный участок площадью 26,6 гектара на правом берегу речки Казачки.

 Первым директором зоопарка стал Мырзахан Толебаев.      

Торжественное открытие Алма-Атинского зоопарка
 

Мурзахан Толебаев лично участвовал в отлове представителей местной фауны для экспозиции зоопарка. Первыми поступившими в Алматинский зоологический парк животными были косули, пара волков, молодые лисицы, архаренок, сайгак, джейран, горный козел. Чтобы с первых дней работы зоопарка удивить алмаатинцев, Толебаев вел переговоры с Московским зоопарком о приобретении животных. Из Московского зоопарка направили эму, бизонов, зубробизонов, антилоп нильгау. Из Ашхабадского зоопарка в Алма-Ату были направлены гиены, шакалы, каракалы, лисы. Из Ленинградского зоопарка прислали белого медведя, северных оленей, енотов. Из заповедника Аскания-Нова прибыли антилопы зеву, гну и канны. В год основания коллекция животных составляла 70 видов.

В годы войны наступило непростое время для зоопарка. Многие сотрудники отправились на фронт, рабочих рук не хватало. В этот период остро стояла проблема недостатка кормов для животных, особенно хищников. Сотрудники скупили у местных жителей всех ослов. Позже начали отлов бродячих собак. Львов кормили даже сушеным урюком. Часть коллекции погибла, но большинство животных удалось спасти. 

Огромную помощь в выживании зоопарка оказало подсобное хозяйство за городом в поселке Байсерке Алматинской области. Сотрудники зоопарка часто выезжали в подхоз на субботники на прополку, сбор урожая...

В зоопарке впервые появились индийские слоны. Молодые слонята Дубас и Пальма стали подарком жителям Алма-Аты от премьер-министра Индии Джавахарлала Неру, в 1955 году посетившего наш город со своей дочерью.

У этой пары слонов родилось пять слонят. Самый известный из них Батыр  был передан в Карагандинский зоопарк. Слоненок прославился тем, что научился с помощью хобота "говорить" свое имя.

Другие известные обитатели зоопарка — бегемоты Юлька и Спутник, приносившие потомство почти  каждый год.

В общей сложности у пары родилось десять бегемотиков, которые разъехались по зоопаркам и циркам всей страны.

В 1966 году начал работу «Театр зверей» - аттракцион с дрессированными животными, возглавляемый Владимиром Васильевичем Дуровым и дрессировщиком Александром Федоровичем Гутовским.

Перед выступлениями дрессированных животных проводилась беседа «О методах приручения и дрессировки животных», основанная на учении академика И.П. Павлова о рефлексах, гуманной школе дрессировки В.В. Дурова, когда животных приручают не болью и страхом, а лаской и поощрениями.

Никто в мире не видел еще, как тигр прыгает через обруч, укрепленный на рогах архара. А у нас это было!

«Театр зверей» возобновил свою работу в 1981 году, руководил им Ринат Малибаев. Театр проработал до 1992 года.

В 1968 году зоопарк получил списанный двухэтажный пассажирский пароход «Роза Люксембург»,  который  был  переоборудован в  зоопарк на воде.  В 1968 году с мая по октябрь было организовано первое «турне» зоопарка по городам низовья Иртыша. «Пассажирами» плавучего зоопарка были эму,  казуар, венценосные журавли, попугаи, обезьяны, леопарды, тигры, львы и многие другие представители животного мира.

Выставка просуществовала до 1975 года. В 1975 году пароход был списан.

Визит Первого секретаря ЦК Компартии Казахской ССР Динмухамеда Кунаева

Алматинскому зоопарку исполнилось 80 лет. 

Для улучшения условий жизни животных проводится реконструкции и строительство новых вольеров.